Dins de l'estructura de VAERSA existeixen Departaments i Àrees de suport que tenen un caràcter transversal, com són:

·        Direcció General

·        Àrea de Compres i Serveis Generals

·        Àrea de Sistemes de Gestió i RSC

·        Àrea d'Informàtica

·        Àrea de Prevenció de Riscos Laborals

·        Departament Jurídic

·        Departament Administració i Financer

·        Departament de Recursos Humans

i Departaments i Àrees íntimament relacionats amb el propi negoci de VAERSA:

·        Departament de Residus

·        Departament d'Obres i Projectes

– Àrea d'Obres

– Àrea de Projectes

·        Departament de Serveis

      – Àrea Assistències tècniques

      – Àrea de Prevenció d'Incendis