Dins de l'estructura de VAERSA existeixen Departaments i Àrees de suport que tenen un caràcter transversal, com són:

• Direcció General I Subdirecció
• Àrea de Prevenció de Riscos Laborals
• Departament d’Assessorament Jurídic
  • Àrea de Gestió jurídica i LOPD
• Departament Económic Financer
• Departament de Recursos Humans
• Departament de Servicis Generals
  • Àrea de Compres i Contractació
  • Àrea d'Informàtica
• Departament de Sistemes
  • Àrea de Sistemes de Gestió i RSC

i Departaments i Àrees íntimament relacionats amb el propi negoci de VAERSA:

• Departament de Residus
  • Àrea d’Infraestructures de residus
  • Àrea de Gestió de Plantes
• Departament d'Obres i Projectes
  • Àrea d'Obres
  • Àrea de Projectes
• Departament de Serveis
  • Àrea Assistències tècniques
  • Àrea de Prevenció d'Incendis