Entre los reptiles presentes en la Marjal dels Moros, cabe destacar la presencia del galápago europeo (Emys orbicularis), que con una población estable, comparte hábitat con el galápago leproso (Mauremys leprosa) y el exótico galápago americano (Trachemys scripta).
El galápago europeo (Emys orbicularis) se encuentra protegido por la legislación internacional, nacional y autonómica. En la Comunidad Valenciana, se encuentra catalogado como “En Peligro de Extinción” (ORDEN 2/2022, de 16 de febrero). Una población de dicha especie se localiza en la Marjal dels Moros, y está incluida en los parajes prioritarios del Plan de conservación del galápago Europeo de la Comunidad Valenciana.
Las brigadas Red Natura 2000 actúan durante todo el año en la Marjal dels Moros y entre otras actuaciones, mediante el Programa de Cría en Cautividad del galápago europeo (Emys orbicularis) desarrollado en el Centro Acuícola del Palmar (CAEP), se vienen realizando acciones de desbroces de zonas de puesta, búsqueda y protección de nidos, muestreo de poblaciones, captura de hembras grávidas y eliminación de galápagos exóticos.
Con objeto de favorecer las zonas de puesta del galápago europeo, se realizan desbroces de las zonas libres de lámina
de agua circundantes a las lagunas, así como de las península o islas que existen en el interior de algunas.
Con objeto de realizar un seguimiento de las poblaciones de galápagos autóctonos y erradicación de galápagos exóticos se han establecido estaciones de muestreo en el paraje. Los galápagos utilizan los canales de la marjal para desplazarse, siendo más fácil su captura en éstos que en las zonas de lámina de agua libre. Por consecuencia, las trampas que se utilizan son, en mayor medida nasas (método más efectivo para trampear en canales).
Los galápagos capturados son medidos, pesados, sexados y marcados. Tras la toma de los datos biométricos son liberados suficientemente alejados de las estaciones de muestreo y en el mismo canal o laguna donde se produjo su captura, a excepción de los galápagos exóticos y las hembras grávidas autóctonas que son trasladados al CAEP
del Palmar. Del mismo modo, la fauna acompañante capturada es identificada, contabilizada y finalmente liberada.
Los altos porcentajes de predación de las puestas de galápagos, pone en riesgo la viabilidad de la especie a largo plazo, debido a la falta de renuevo poblacional. El principal predador es el Zorro (Vulpes vulpes). La brigada realiza la búsqueda de puestas y una vez localizadas se protegen mediante jaulones de alambre que son vigilados asiduamente para, una vez eclosionados los huevos, trasladar los neonatos capturados a las balsas dispuestas en el CIEF y posteriormente al CAEP El Palmar, para su crecimiento y posterior suelta al medio natural en la siguiente anualidad.