Dentro de la estructura de VAERSA existen Departamentos y Áreas de soporte o apoyo que tienen un carácter transversal, como son:

• Dirección General y Subdirección
• Área de Prevención de Riesgos Laborales
• Departamento de Asesoramiento Jurídico
  • Área de Gestión jurídica y LOPD
• Departamento Económico Financiero
• Departamento de Recursos Humanos
• Departamento de Servicios Generales
  • Área de Compras y Contratación
  • Área de Informática
• Departamento de Sistemas
  • Área de Sistemas de Gestión y RSC

y Departamentos y Áreas íntimamente relacionados con el propio negocio de VAERSA:

• Departamento de Residuos
  • Área de Infraestructuras de residuos
  • Área de Gestión de Plantas
• Departamento de Obras y Proyectos
  • Área de Obras
  • Área de Proyectos
• Departamento de Servicios
  • Área Asistencias técnicas
  • Área de Prevención de Incendios